Kantaron otu nun ilaç metabolizmasında rol oynayan bir çok enzimi, özellikle CYP3A4 ’ü, ve P-glikoprotein ’i indüklediği biliniyor. Siklosporin, digoksin, HIV-proteaz inhibitörleri, non-nükleosid revers transkriptaz inhibitörleri, oral kontraseptifler, takrolimus, teofilin ve warfarin kantaron otu ile etkileştiği kanıtlanan ilaçlardan bazıları. Karbamazepin, fenobarbital ve fenitoinin de kantaron otu ile etkileşimi teorik açıdan mümkün.

İlaçla birlikte kullanılan kantaron otu tedavisinin aniden kesilmesi birlikte kullanıldığı ilacın kan konsantrasyonlarında ani yükselmelere  ve toksik etkilerinin  ortaya çıkmasına neden olabiliyor. Amerika ve İngiltere de dahil olmak üzere bir çok ülkede kantaron otu içeren preparatların satılması için ilaç lisansına gerek yok. Bu tür preparatların içeriklerindeki aktif maddenin oranı preparatttan preparata değişebiliyor. Bu da tahmin edilebileceği gibi enzim indüksiyonun derecesini değiştiriyor.

Ayrıca kantaron otunun serotinerjik nörotransmitterler üzerinde etki gösteren ilaçlarla birlikte kullanımı sinerjik etkileşimlere neden olup ilaçların yan etkilerini arttırabiliyor. SSRI grubu ilaçlar (antidepresanlar), nefazodon ve migren tedavisinde kullanılan 5-HT1 agonistleri buna örnek teşkil eden ilaçlar.